De eerste vermeldingen van de molen dateren al van 1370. Maar vooral de periode in Mere interesseert ons. In 1921 werd de molen ontmanteld en voor 40.000 frank verkocht aan Jozef Van der Haegen, geboren in Mere in 1889 en afkomstig uit een landbouwersgezin. In de loop van 1922 werd de molen met 40 karrenvrachten overgebracht vanuit Nieuwerkerken naar de nieuwe molensite in Mere, waar hij in 1923 heropgebouwd werd door de eigenaar, die wagenmaker was. Hij werd geholpen door zijn 2 broers en door molenmaker Frans Van de Velde uit Haaltert.
Van 1924 tot 1952 was de molen in bedrijf. In 1952 brak tijdens een storm de verticaal staande buitenroede af en bleef zij geplooid naast de molenkap hangen. In de daaropvolgende jaren liep de molen verdere stormschade op. De beplanking van voor- & zijwegen is identiek aan de huidige beplanking, eerder smal & voorzien van een profilering onderaan. Voor de restauratie van 1961 waren er ruitvormige leien op windweeg en buik. Ook het kombuis was aanwezig voor 1952. Er was nog steeds maar één trapleuning.
De molen werd als monument beschermd bij koninklijk besluit van 28 maart 1956. Op het einde van de jaren 1950 werd een bestek voor de restauratie opgemaakt, mede onder impuls van de Heemkundige Kring van Mere. In 1961-1962 werden deze werken uitgevoerd door Walter Mariman uit Zele onder toezicht van Marcel Braet uit Sint-Andries. Er werd onder meer een nieuw gelast en verbusseld gevlucht aangebracht. Op 26 augustus 1962 werd de herstelde molen ingehuldigd met een druk bijgewoond molenfeest georganiseerd door de Heemkundige Kring van Mere. Tussen 1962 en 1970 liet de molenaar de molen af en toe draaien, er werd echter noch nauwelijks gemalen. In 1969 werd een dossier voor herstellingswerken goedgekeurd. Dit omvatte onder meer het aanbrengen van verbeteringen aan de wiekenas, de trap en de builmolen, het ontroesten en schilderen van het gevlucht, het leveren van nieuwe zeilen en een grondig nazicht en onderhoud. Molenmaker Alex Meireleire uit Gontrode was kandidaat-uitvoerder, maar de werken werden in 1971 uitgevoerd door de gebroeders Herman en Guido Peel uit Gistel.
In de stormnacht van 12-13 november 1972 ging het gevlucht aan het draaien, niettegenstaande de vang oplag. De gietijzeren insteekaskop brak af voor de schichten en zakte lichtjes door. Het gevlucht kwam tot stilstand toen één van de buitenroeden tegen een teerling vastliep. Door de sterke wrijving was ook brand ontstaan aan het vangwiel, de brandweer van Aalst slaagde er echter in om deze tijdig te blussen. Om verder onheil te voorkomen werden de twee einden van de horizontaal staande binnenroede met 2 kabels aan de staart bevestigd. Onder impuls van de Heemkundige Kring van Mere werd bij de Rijksdienst voor Monumenten en Landschapszorg aangedrongen op een restauratie. De kosten hiervoor zouden ongeveer 837.000 frank. bedragen. Hiervan zouden de gemeente en de eigenaar elk 15% betalen, de overige 70 % zou door de staat betaald worden. In het voorjaar van 1975 werd hiervoor de principiële goedkeuring verleend. Op 4 maart 1976 overleed de molenaar en eigenaar Jozef Van der Haegen. Zijn zonen Valère en Frans Van der Haegen erfden de molen, maar geraakten het onderling oneens. In 1976 werden de restauratiewerken aanbesteed en toegewezen aan de laagste bieder, de firma Peel uit Gistel. Maar omwille van onenigheid tussen beide eigenaars werden de werken niet uitgevoerd. Tijdens een storm in januari 1978 werd de molen verder beschadigd. De gebroken molenas werd uit de baansteen gelicht, de askop en het gevlucht kwamen op de kap terecht, die hierdoor zwaar beschadigd werd. Bij een volgende storm sloeg het gevlucht op de grond te pletter. In december van datzelfde jaar wees de gemeentelijke culturele raad van Erpe-Mere op de zorgwekkende toestand van de molen en drong zij aan op restauratie. Na een schrijven van de Rijksdienst voor Monumenten en Landschapszorg, met de mededeling dat niet werd voldaan aan de wettelijke onderhoudsplicht, maakte één van beide eigenaars het achterkeuvelende met beplanking dicht. In de jaren 1980 dienden de eigenaars een verkavelingsaanvraag in voor het terrein waarop de molen en het verkrotte molenaarshuis zich bevonden. Het gemeentebestuur weigerde de vergunning af te leveren. In de periode 1990 – 1997 verwaarloosden de eigenaars de molen verder, ondanks herhaaldelijke aanmaningen. In 1991 werd het gat in de kap gedicht door vrijwillig molenaars, buiten weten om van de eigenaars. De toegang tot de molensite werd hen nadien door de eigenaar verboden.
Intussen groeide in de gemeente het idee om de molen aan te kopen. De eigenaars hadden echter niet de intentie om de molen aan de gemeente te verkopen, maar wel om de grond als dure bouwgrond te verkopen. In 1991 werd de omgeving van de molen op de voorontwerplijst van voor bescherming vatbare dorpsgezichten geplaatst. Dit zou echter niet gevolgd worden door een plaatsing op de ontwerplijst. Omwille van de hoge vraagprijs voor de grond rond de molen, werd in 1993 overwogen om alleen de molen aan te kopen en deze te verplaatsen naar het gemeentelijk domein Steenberg. Deze inplantingsplaats bood voldoende windvang, de Koninklijke Commissie voor Monumenten en Landschappen gaf een principiële goedkeuring. Frans Van der Haegen overleed op 8 september 1994, waarmee tevens een einde kwam aan de toestand van onverdeeldheid. Voor zijn overlijden werd een overeenkomst tussen beide broers getekend, waarbij Valère als toekomstige eigenaar werd aangeduid. Maar ook hij toonde weinig interesse in de molen en in het voorstel om de molen en een stuk bijhorende grond in erfpacht aan een vzw te geven. Deze vzw zou dan de molen laten restaureren en hem openstellen en onderhouden.
In 1997 werden zowel de molen als het terrein onteigend en werd de gemeente eigenaar. In 2000 werden met een onderhoudspremie de meest dringende werkzaamheden uitgevoerd, zoals het uithalen van as en wielen, het aanbrengen van een nooddak, het uitvoeren van een preventieve en curatieve houtbehandeling en het plaatsen van een afsluiting rond het terrein. Deze werken werden uitgevoerd door ‘t Gebinte Molenbouw uit Erpe-Mere. Een maalvaardige restauratie werd voorbereid, onder leiding van ir.-arch. Sabine Okkerse uit Horebeke.
Op 30 september 2004 werd de molen gedemonteerd en vervoerd naar het atelier van Molenbouw Thomaes in Beveren-Roeselare. Er werd geoordeeld dat een nieuwe staak moest gemaakt worden. Het was niet eenvoudig daartoe een geschikte eikenboom te vinden: de staak is 8,5 meter lang, met een omtrek van 2,50 meter. Op 10 april 2006 ‘s avonds werden de molenkast, de roeden en de kap vervoerd vanuit het atelier naar Mere. De volledige montage (kast en roeden) gebeurde op 29 april. Op 3 juni 2006 werd de Kruiskoutermolen officieel ingehuldigd.
De staakmolen is van het zeldzame type driezolder. Momenteel is de molen opnieuw aan herstelling toe.
[vrij naar Johan De Punt, Sabine Okkerse en Lieven Denewet]
Voor meer info over de geschiedenis van de ‘Kruiskoutermolen’: